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COVID-19测试的问题:必要的理解

2021年2月8日
作者:John Hardie, BDS, MSc, PhD, FRCDC


观点:

介绍
2020年8月26日,英国政府的高级科学顾问Mark Woodhouse教授说:“我们无法想到更好的事情。锁定是一种恐慌措施,我相信历史将看到试图通过锁定控制Covid-19是全球范围内的巨大错误,而且治愈的治疗比疾病更差。“1来自传染病流行病学家的这种坦率入学是重大的,因为它强调政府的失败,以了解冠状病毒测试的局限性,以便消除或减少Covid-19传播的所有政策和预防措施。本文将尝试解开测试的复杂性,其结果远非明确。

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冠状病毒测试

背景
1.什么是病毒?病毒由由蛋白质涂层包围的核酸(DNA或RNA)组成。涂层对其进行适应(冠状病毒钉),通过促进进入,使病毒感染细胞。进入细胞后,蛋白质涂层是引起病毒的基因,以指导宿主细胞的复制技术来再现病毒的DNA或RNA。然后新病毒将细胞留下并以类似的方式感染其他细胞。2

重要的是要认识到,病毒不能自我复制,而是通过寄生活细胞来伤害这些细胞。病毒不能在可存活的宿主之外生长或繁殖。2

新的冠状病毒是现在被称为SARS-COV-2。它是一种RNA病毒与纳米60之间的至140个纳米的估计直径。人发单链会比单一的SARS冠状病毒2型病毒更大的400到1000倍。3.

2.科赫法则。1890年,德国医生罗伯特·科赫描述了微生物被认为是人类病原体之前必须具备的四个条件。随着病毒的发现和对病毒理解的提高,人们意识到这些假设并不适用于它们,因为作为细胞内的寄生体,它们不容易纯化和培养。虽然这种认识使证明病毒引起疾病变得困难,但据了解,有必要制定指导方针,防止病毒与疾病之间的相关性,以表明病毒是引起疾病的病原体。4

多年来,科赫的假设已经被修改和修改,在病毒和感染之间存在因果关系之前,有八个标准最好是应该满足的。4

3.SARS-CoV-2和科赫定律。第一篇关于新型冠状病毒的论文警告说,它不满足现代版的科赫假设。5This was emphasized in a later article in the Journal of Medical Virology which stated, “The data collected so far is not enough to confirm the causal relationship between the new type of coronavirus and the respiratory diseases based on classical Koch’s postulates or modified ones as suggested by Fredricks and Relman.”6

尽管有这些保留意见,但绝大多数人都承认,SARS-CoV-2是已知的Covid-19的病原体。

4.金标准。无需测试100%准确。确定病原体测试的准确性和可靠性需要存在金标准。根据Trevethan的黄金标准提供,“权威,大概是无可争辩的,证据表明条件确实或不存在。”1

为SARS-COV-2开发金标准需要隔离整个病毒(不仅仅是IT的碎片),并表明分离的病毒能够在培养细胞中再现自身。8

实验室将把这种分离物作为评估旨在鉴定完整新病毒的测试效果的黄金标准。最近的一项广泛审查得出结论,对SARS-CoV-2的分离和培养的研究质量很差,缺乏可接受的金标准的评估。8另一份报告指出,虽然在以往的国际卫生紧急情况中可以获得病毒分离物来验证检测,但在SARS-CoV-2病例中,“国际社会迄今尚未获得来自受感染患者的病毒分离物或样本”。9事实上,在2020年7月,疾病控制中心(CDC)表示,SARS-CoV-2不存在量化的病毒分离物。1

由于SARS-CoV-2检测对RNA的存在高度敏感,一些权威人士认为它是黄金标准。这是不正确的,因为它的高度敏感性意味着它可以检测到任何可能是或不是SARS-CoV-2的RNA。

5.聚合酶链反应(PCR)。聚合酶链反应是由诺贝尔奖得主卡里·穆里斯在1983年发明的,本质上是作为一种研究而不是诊断工具。11其主要功能是使DNA的特定区域的许多副本,使得可以更好地分析该目标区域。11

反应的第一步是加热变性,将双链DNA分离成两个单独的单链作为模板。第二个冷却或退火阶段使用DNA引物(长度约20个核苷酸),这些引物比要复制的DNA特定区域的一部分短,但与之结合。在第三阶段或延伸阶段,热再次与DNA聚合酶合作,通过合成新的DNA链来延伸引物,以获得目标区域的精确副本。因此,在一个连续的加热、冷却和加热循环之后,有两个目标区域的副本。这些副本将作为下一个反应周期的模板。第二个循环将产生4个副本,以此类推,在30-40个循环之后,可能会有数百万个特定DNA区域的副本被调查。11例如,运行24个循环产生的近似数量的份数为1600万,33个周期为85亿,40个周期为1万亿。

实际的测试
1.基于定量的荧光逆转录酶聚合物链反应(RT-QPCR)。虽然有关该测试的可靠性存在相当大的问题,但它是最广泛用于测试SARS-COV-2的存在。12

由于SARS-COV-2是RNA病毒,测试的第一阶段是使用RNA依赖性DNA聚合酶(即逆转录酶)将靶向RNA序列复制到互补DNA中。第二阶段使用DNA聚合酶根据聚合物链反应根据聚合物链反应放大或复制互补DNA。另外,添加荧光标记物,其结合扩增的DNA。在每个循环后,来自荧光标记物的光强度对应于越来越多的DNA拷贝。理论上,这允许实时评估靶标RNA的DNA的量。13

的假设是,替代的DNA的多有在反应开始时,将需要达到已经预定以指示SARS-CoV的-2的存在下的荧光强度或阈值电平的周期就越少。12达到这个水平的循环次数被称为循环阈值或Ct。14

2.循环阈值.Ct值由测试套件制造商和测试实验室设置。14它们不是在省份或国家的标准化,这增加了Covid-19测试的不可靠性。12最近的一些论文认为,Ct值大于24不应该用来推断是否存在“活的或传染性的”病毒,因为超过24的水平,这种检测的高度敏感性将放大来自其他来源的病毒序列。8、15来源可能是;“死的或非传染性的”SARS-CoV-2、一般细胞碎片、地方性冠状病毒、其他病原体,以及样本收集、运输和制备过程中的污染。12

美国疾病控制与预防中心接受的Ct值约为40.10。在加拿大,Ct水平从纽芬兰的33到魁北克的45不等。16在安大略省,Ct值为38-45。16加拿大水平看来是高自24和45之间的增加周期将数十亿可能不仅包括声称代表独特的基因序列的RNA的量增加SARS-CoV的-2,但“外来RNA”从源先前著名的。根据最近的加查,“一个人谁用35-40周期计数测试呈阳性很可能不会传染,也不会要求自我隔离,因为他们的病毒载量是非常低的。”16这次同意美国国家过敏和传染病研究所的A. Fauci博士的发言。在7月16日2020 2020播客中,“本周在病毒学中”,他清楚地暗示CT水平在35或更高的测试中进行的测试不能可靠地表明存在活性病毒的存在。On July 30th, 2020, Dr. Barbara Yaffe (Director of Communicable Disease Control, Toronto Public Health) told the media that, “In fact, if you are testing in a population that doesn’t have very much COVID, you’ll get false positives almost half the time. That is, the person actually doesn’t have COVID, they have something else. They may have nothing.”16理论上,通过提高CT值,可以简单地将负Covid-19测试从负面转换为正。相反也是如此。例如,在安大略省的38个周期后测试阳性的人将在纽芬兰的33次循环后测试阴性。

在加拿大的CT水平从33到45之间变化,令人惊讶的是,“加拿大Covid案件的最多90%可能是假的......”16由于加拿大试验结果而不指示的Ct水平简单地记作RT-PCR阳性或阴性(是或否),结果的解释是充满歧义。在医学病毒学杂志的2020年7月版的一篇文章有​​关使用RT-qPCR的测试作为诊断COVID-19无验证性临床症状和体征的证据的唯一手段表示谨慎。17

出于上述所有原因,应仅在阳性测试结果的基础上应用于含有Covid-19的所有病例的健康剂量。

3.临床意义。RT-qPCR检测将转化后的RNA扩增足够多的次数,使其被检测到。Mullis非常坚定地认为,pcr病毒载量试验并不能检测到游离的传染性病毒,而只能确定病毒的基因序列最近Bullard强调了这个结论,他说:“RT-PCR检测的是RNA,而不是传染性病毒……”15它不是被扩增的整个病毒,但没有蛋白质涂层的遗传序列的比特不传染。因此,推断测试识别整个传染病的错误是错误的。此外,测试假设小基因段对SARS-COV-2是独一无二的。然而,由于没有可接受的病毒分离物可用于确认这种关系,因此假设非常有值得怀疑。如上所述,通过替代DNA扩增的RNA序列可以来自除SARS-COV-2之外的来源。

CDC已识别与CoVID-19测试相关的许多问题,其中在最近的出版物中指出:

  • 样本中病毒RNA的存在可能并不表明有传染性病毒存在;
  • 病毒RNA的存在并不一定意味着SARS-CoV的-2是COVID-19的病原体;
  • 该测试不能排除引起的其他细菌或病毒病原体疾病;
  • 该试验不适合筛查血液和血液制品用于SARS-COV-2的存在;
  • 如果在预定目标区域中的病毒突变,则测试无效;
  • 尚未建立在感染期间检测峰病毒水平的最佳时间。10

结论
未能满足科赫的修饰的病毒公设和无法在任何测试意图识别COVID-19的致病剂的功效令人满意地分离物的SARS-CoV的-2应该铸件疑虑。在技​​术性很强的报告,当局哀叹缺乏的样品,其导致结果的解释错误的收集,运输和准备明确的标准。8、9、12、14由于没有国际公认的验证标准,这种困境被夸大了。直到以上所有纠正Bustin都认为SARS-COV-2的测试计划是“完全不足,而且被混乱和错误信息包围。”12

这种理解意味着所有与COVID-19相关的政策、程序、建议和预防措施都基于一个可疑的基础。如果伍德豪斯教授充分认识到这个测试的局限性,他就不会承认这个重大的错误了。

牙科行业也未能逃脱这个难题。它最近对病人护理的所有改变都是基于这样一个假设,即识别传染性SARS-CoV-2的测试是准确的。这显然是不正确的,这应该促使人们重新评估牙科和COVID-19之间的关系。今后的文章将讨论检测呈阳性的患者实际感染COVID-19的可能性和感染的真正致死率,并将确定这种宣传的进一步原因。

口腔健康欢迎这个原始文章。

参考
只确定了主要作者。

  1. Johnston L,英国锁定是一个“纪念碑错误”,一定不能再发生 - 鲍里斯科学家说。英国快递,2020年8月26日。
  2. Villarrell L P,病毒活着。科学美国2008年8月8日。
  3. 蜘蛛鲸B,SARS-COV-2的大小与其他东西相比。新闻医疗生命科学。可以在:https://www.news-medical.net/health/The-Size-of-SARS-CoV-2-Compared-to-Other-Things.aspx
  4. 威廉斯J V, Déjà vu All Over: Koch 's postates and Virology in the 21st Century。传染病杂志2010;201(11): 1611 - 1614。
  5. 来自中国肺炎患者的一种新型冠状病毒。N Engl J medical;2019: 382:727 - 733。
  6. 中国武汉爆发不明原因肺炎:神秘与奇迹。J Med Virol 2020;92:401 - 402。
  7. 敏感性、特异性和预测价值:研究和科学中的基础、灵活性和缺陷。前沿公共卫生2017;5:307。
  8. 杰斐逊T,Covid-19感染性评估的病毒培养 - 系统审查。可以在:https://www.medrxiv.org/content/10.1101 / 2012.08.04.20167932v4
  9. Corman V M, real-time RT-PCR检测2019新型冠状病毒(2019- ncov)欧元Surveill 2020;25(30): 2007303。
  10. CDC 2019-新型冠状病毒(2019-NC0V)实时RT-PCR诊断面板。可以在:https://www.fda.gov/media/134922/download
  11. 维基百科,聚合酶链反应。可以在:https://en.wikipedia.org/wiki/polymerase_chain_reaction# :::text = polymerase%20chain%20reaction%20(pcr)%20is,mutount%20to%20study%20in%20d.
  12. Bustin S,RT-QPCR测试SARS-COV-2:底漆。INT J MED SCI 2020;21(8):3004-3012。
  13. 绿色K,可能用于筛选,诊断和监测Covid-19的测试,以及他们的优缺点是什么。可以在:https://www.conebm.net/covid-19/what-tests-could-potentially-be- dused-for-the-screening-diagnosis-and-onitoring-of-covid-2.
  14. 公共卫生安大略省,循环阈值的概览及其在SARS-COV-2实时PCR - 时间解读测试的作用。可以在:https://www.publicheenthontontario.ca//media/documents/ncov/main/2020/09/cycle-threshold-values-sars-cov2-pcr.pdf?la=en.
  15. BULLARD J,预测诊断样品中的传染性SARS-COV-2。可以在:https://www.icpcovid.com/sites/default/files/2020-09/Loss%20of%20infectivity%20when%20low%20viral%2C%20load%20in%20PCR
  16. https://westphaliantimes.com/international-experts-suggest-that-up-to-90-of-canadian-covid-cases-could-be-false-positives/
  17. 益芳李,RT-PCR试验SARS-COV-2用于住院治疗患者的RT-PCR测试稳定性问题。J医疗病毒学2020;92(7):903-908。
  18. GIALLOON P,质疑艾滋病毒艾滋病假设:30年的异议。边疆公共卫生2014;2:154。

关于作者

虽然退休了,但John Hardie博士在牙科涉及牙科的感染控制学科中维持了三十多个多年的兴趣。他在北美和英国,欧洲,中远和远东地区展出了对该主题的广泛发布,并讲述了它及相关科目。


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  1. Atahualpa. 说:

    关于此事的牙医意见就像是汽车电工关于汽车发动机燃烧问题的意见。我的意思是,只是另一种意见。

    • 阿兹 说:

      口腔健康是你的整体健康非常重要。这位医生还列举了你可能会读事实被使用的所有引用检查文章中提供的信息。至于你提到的汽车电工比喻,有内燃机你需要3件事情。燃料,氧气和点火源,这是在汽车发动机电力。只是我的观点。

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      如果您记得,在此期间,他们正在将它们放在呼吸机上并使压力过高。医生终于意识到这些患者可以自行呼吸只需要氧气 - 而不是通风口。大多数对肺部的伤害是由通风口引起的,80%从未离开过。

  4. 凯特博士 说:

    约翰博士,
    这篇文章是否意味着接种疫苗的人在健康状态的PCR检测中会显示出更高水平的RNA ?莱姆病和单核细胞增多症在40次循环中也会出现吗?

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